Visualiser proteiner — PyMol Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion Oversigt over brug af værktøjet PyMol er et program, der bruges til at visualisere proteiners tredimensionelle opbygning (find det her). I øvelse 1d – Aktin, fra mRNA til tredimensionelt protein, øvelse 2c – Myostatins proteininteraktioner og organismers slægtsskab, Øvelse 3c – Bioinformatisk analyse af
Kend dit proteins struktur og funktion — PDB (Protein Data Bank) Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion Oversigt over brug af værktøjet Protein Data Bank (PDB) er en database, der indeholder proteiner og deres kendte tredimensionelle struktur (find den her). I øvelse 1c – Aktin, fra mRNA til tredimensionelt protein, øvelse 2b
DNA databasen — GenBank Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion Oversigt over brug af værktøjet GenBank er hoveddatabasen for kendte DNA-sekvenser, og den kan findes gennem NCBI’s internetside. Hver DNA-sekvens i GenBank har sin egen GenBank-side. GenBank-siden indeholder informationer om DNA-sekvensen, bl.a. hele nukleotidsekvensen, organismen den stammer fra, links
DNA og proteinbiblioteket — NCBI Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion Oversigt over brug af værktøjet National Center for Biotechnology Information (NCBI) er en af de mest omfattende og benyttede databaser. Hos NCBI kan man finde information om næsten alle kendte DNA- og proteinsekvenser (find den her). Beskrivelse Internetsiden
Sammenlign DNA/protein — BLAST Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) er en metode til at sammenligne DNA- eller proteinsekvenser (find det her). I øvelse 3A – Bioinformatisk analyse af antistoffer og øvelse 4A – Identifikation og visualisering af ukendt protein arbejdes med brugen af BLAST. Oversigt over brug af værktøjet
Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Moderne Genteknologi Western blotting Western blotting kan bruges til at måle, om et bestemt protein er til stede. Forudsætter: Gelelektroforese (af protein) Western blotting bruges til at bestemme, om specifikke proteiner er til stede i en prøve. Metoden udnytter binding med bestemte antistoffer, der er lavet, så de netop genkender specifikke områder i
Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Moderne Genteknologi Southern blotting Southern blotting bruges til at søge efter tilstedeværelsen af en specifik DNA-sekvens i en DNA-prøve. Forudsætter: Gelelektroforese (af DNA) og evt. restriktionsskæring. Southern blotting er en teknik til at bestemme om en specifik DNA-sekvens er til stede i en prøve. Metoden er derfor bl.a. egnet til at kontrollere,
Transformation Transformation er indsættelsen af fremmed DNA i en celle, som det fx sker i gensplejsning. De fleste celler vil normalt ikke optage DNA fra omgivelserne, og flere metoder til transformation består derfor i at gøre deres membran permeabel (gennemtrængelig) for DNA. Det er meget forskelligt, hvilke metoder der virker på de enkelte organismer. Figur 38. Ved transformation optager en
Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Moderne Genteknologi Gateway kloning Gateway er et kommercielt kloningssystem til sammensætning af DNA-sekvenser og kan fx bruges, hvis der skal kobles grønt fluorescrende protein (GFP) til et gen. Forudsætter: PCR og gelelektroforese Der eksisterer i dag en række moderne kloningsværktøjer, der kan bruges til at sammensætte DNA-sekvenser i stedet
Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Moderne Genteknologi Gelelektroforese Gelelektroforese: Adskillelse af DNA eller protein Gelelektroforese er en adskillelsesteknik, der kan bruges til at separere forskelligt DNA eller protein i en gel. Det gør det bl.a. muligt forholdsvis præcist at måle enten antallet af basepar i en DNA-prøve eller længden af forskellige proteiner.
